Avant, Nikita opérait comme tueuse à gages pour une unité secrète du gouvernement américain. Cet organisme, appelé « La Division », a fait tuer son petit-ami. Depuis, elle mène un combat continuel pour détruire ceux qui lui ont tout pris. Pour l’aider, Alex, une ex-junkie, s’infiltre au sein de l’organisme en tant que nouvelle recrue…